农业设施内的气体条件不如光照和温度条件那样能够直观的影响作物的生长，因此往往被人们所忽视。但随着设施内光照和温度条件的不断完善，设施内的气体环境对作物生长的影响，逐渐引起人们的重视。
1.氧气
作物生命活动需要氧气，尤其在夜间光合作用，因为黑暗的环境作物不再进行呼吸作用，需要充足的氧气。地上部分的生长所需氧来自于空气，而地下部分根系的形成，特别是侧根及根毛的形成需要土壤中有足够的氧气，否则根系就会因为缺氧而窒息死亡。在种子萌发过程中也必须要有足够的氧气，否则会因为酒精发酵毒害种子，丧失发芽力。
2.二氧化碳
二氧化碳是绿色植物进行光合作用的原料，大气中二氧化碳含量约为0.03%，这个浓度并不能够满足作物进行光合作用的需要，增加空气中二氧化碳的浓度，将会有效促进光合作用，从而提高产量，称为气体施肥。
3.有害气体
第一，氨气
氨气是设施内肥料分解的产物，其危害主要是由气孔进入植物体内而产生的碱性损害。氨气的产生主要是使用未经腐熟的人粪尿、畜禽粪、饼肥等有机肥，遇高温时分解发生。另外追肥不当，也会引起氨气危害。其危害症状是叶片呈水浸状，颜色变淡，逐步变白或变褐，继而枯死。
第二，二氧化氮
二氧化氮是施用过量的氨态氮而引起的。在亚硝化细菌和硝化细菌的作用下，施入土壤中的氨态氮，要经历一个氨态氮→亚硝态氮→硝态氮的过程。在土壤酸化条件下，亚硝化细菌活动受抑，亚硝态氮不能转化为硝态氮，亚硝态酸积累而散发出二氧化氮。施入氨态氮越多，散发二氧化氯越多。危害症状是叶片上出现白斑，然后褪绿，浓度高时叶片叶脉也会变白枯死。
第三，二氧化硫
它是由燃烧含硫量高的煤炭，或施用大量的肥料而产生的。危害主要是由于二氧化硫遇水时生产亚硫酸，亚硫酸是弱酸，能直接破坏作物的叶绿体，轻者组织失绿白化，重者组织灼伤、脱水、枯死。
第四，乙烯和氯气
主要来源是使用有毒的农用塑料薄膜或塑料管，在阳光暴晒或高温下，能够会发出如乙烯、氯气等有毒气体，危害作物生长。受害作物叶绿体变黄，重者叶缘或叶脉间变白枯死。